总分公司，如果均是独立核算的，能互相开票。总公司具有法人资格，而分公司不具有法人资格，但分公司能够以自己的名义从事民事活动，因此独立核算的总分公司能互相开票。【法律依据】《中华人民共和国公司法》第十四条公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。
能。分公司也需要办理税务登记的，可以认定为一般纳税人，自然能开发票。《税收征收管理法》第十九条规定，纳税人、扣缴义务人按照有关法律、行政法规和国务院财政、税务主管部门的法规设置帐簿，根据合法、有效凭证记帐，进行核算。
但是小规模纳税人可以向税务部门提出申请，委托代开增值税税率为3%（自09年起不再区分工、商业，一律按照3%征收）的专用发票，但是对方公司只能3％的进项税额，从自己的销项税额中抵扣。
分公司不是独立法人，也不是独立纳税人，因此无法独立开票。我国法律规定，分公司本质上是总公司的分支机构，不是真正独立的公司，因此也就不具有独立法人地位。只有在总公司允许或者要求分公司独立核算的，总公司就会提供分公司对外开发票的权限及条件。
根据你的问题解答如下， 总公司授权分公司开发票合法。分公司无论是否为核算，只要是从事生产经营，与总机构不在同一县（市）的，就应该到所在地主管税务机关办理税务登记，接受税务管理，缴纳税款，开具发票。经有权的税务机关批准汇总纳税的，按汇总纳税的规定缴纳税款开具发票。分公司可以开发票。
